Для настройки Git в Intellij IDEA необходимо указать правильный путь — /usr/local/git/bin/git.
Если все правильно, то получим сообщение:
В моем случае сработало, иначе можно выполнить which git в коммандной строке и получить этот самый путь.
https://code.google.com/p/git-osx-installer/downloads/list — скачать git для OS X.
http://youtrack.jetbrains.com/issue/IDEA-89514 — был даже тикет с таким вопросом.